Su historia se remonta al 14 de abril de 1873, cuando Mercedes de Jesús Molina, una mujer extraordinaria, fundó el Instituto denominado “Santa Mariana de Jesús”, que en primera instancia tuvo su Casa Matriz en lo que hoy se conoce como La Casa Madre ubicada en las calles Argentinos y Mariana de Jesús. Esta obra inició con un orfanato que atendía a 25 niñas huérfanas.
En el año de 1909, el colegio se instala definitivamente en el lugar que ocupa en la actualidad, frente al Mercado Simón Bolívar, más conocido como la Plaza de San Alfonso. La casa que se adquirió para este fin, ubicada en las calles argentinos y 5 de junio, fue propiedad de la familia Donoso Cobo. La primera Superiora del naciente plantel fue la Madre María Clotilde de San Luis; ella acomodó la casa de de la mejor manera para el funcionamiento del establecimiento que dirigió durante ocho años; para este tiempo el promedio de estudiantes era de 200 y fue en esta misma época en que se adquirió un solar adyacente hasta la calle Tarqui donde posteriormente se edificaría la actual Capilla.
El colegio fue fundado el 9 de Febrero de 1940, según resolución Ministerial No. 21. La gestión la realizó el Comité de Padres de Familia Pro Colegio Libre “Mariana de Jesús” de Riobamba, presidido por la Madre Benigna Fajardo, que con tino, prudencia y talento lo dirigió en sus primeros años como Superiora; el Dr. Virgilio Corral A., su primer Rector, la Madre Carmen Amelia Torres, quien actuó como secretaria. 
